大家好，欢迎观看《时空日报》第24期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计5篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

(相关资料图)

1、DNA框架工程化嵌合体平台实现有选择性地靶向蛋白质降解

DNA framework-engineered chimeras platform enables selectively targeted protein degradation

Nature Communications; IF: ; DOI: /s41467-023-40244-7

内容概要：介绍了一种新型的蛋白质降解技术——基于共价DNA框架的工程嵌合体平台（DNA framework-based PROTACs，DbTACs），该平台可以精确地降解感兴趣的蛋白质。该技术在不同细胞区域中的蛋白激酶和转录因子等多种靶标上表现出强大的降解效果，为药物研发提供了有前途的策略。

2、AtacAnnoR：一种基于参考的scATAC-seq数据注释工具

AtacAnnoR: a reference-based annotation tool for single cell ATAC-seq data

Briefings in Bioinformatics; IF: ; DOI: /bib/bbad268

内容概要：介绍了一种基于已注释scRNA-seq数据的注释工具AtacAnnoR，该工具在11个基准数据集上的表现优于其他6种同类方法，尤其是在使用未配对的scRNA-seq数据作为参考时表现最佳。此外，AtacAnnoR实现了“合并和丢弃”策略，进一步提高了多个参考注释的准确性。AtacAnnoR已经实现为R包，并可以直接集成到当前流行的scATAC-seq分析流程中。

3、肠粘液层中的甲酸氧化增强了鼠伤寒沙门氏菌的适应性

Formate oxidation in the intestinal mucus layer enhances fitness of Salmonella enterica serovar Typhimurium

mBio; IF: ; DOI: -23

内容概要：该研究探讨了鼠伤寒沙门氏菌在肠道炎症条件下如何利用呼吸甲酸酶-N和-O来促进其在肠道中的定植，发现这两种酶在小鼠诱导的结肠炎模型中具有冗余作用，并与四硫代硫酸盐、硝酸盐和氧气呼吸耦合。此外，甲酸的利用主要发生在肠道粘液层中，而不是肠腔中。这些发现有助于更好地理解微生物代谢的空间性质，并可能对其他肠道病原菌及共生微生物群落产生影响。

4、高同型半胱氨酸血症通过损害睾丸间质细胞的睾酮产生而降低血清睾酮浓度

Hyperhomocysteinemia lowers serum testosterone concentration via impairing testosterone production in Leydig cells

Cell Biology and Toxicology; IF: ; DOI: /s10565-023-09819-4

内容概要：通过scRNA-seq分析，发现高同型半胱氨酸血症（hyperhomocysteinemia，HHcy）会导致小鼠血清睾酮水平下降，并揭示了HHcy在睾丸间质细胞（Leydig cells ，LCs）功能障碍中的病因学作用。

5、通过半监督优化罕见细胞轮廓识别scRNA-seq数据中的细胞亚群

Sub-cluster identification through semi-supervised optimization of rare-cell silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing

Bioinformatics; IF: ; DOI: /bioinformatics/btad449

内容概要：介绍了一种名为SCISSORS的新型scRNA-seq数据分析框架，其通过半监督优化罕见细胞轮廓，准确地识别scRNA-seq数据中的罕见细胞类型。此外，SCISSORS提供了一种高特异性的标记基因识别方法。

《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目。该栏目以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。

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